乳酸菌について
酢酸菌について
酪酸菌について
納豆菌について
| 発酵食品 | 細菌（バクテリア） | 酵母菌（イースト） | カビ（モールド） |
| 醤油 | 乳酸菌 | 醤油酵母 | 醤油麹菌 |
| 味噌 | 乳酸菌 | 味噌酵母 | 黄麹菌 |
| 日本酒 | （乳酸菌） | 清酒酵母 | 黄麹菌 |
| 焼酎 | – | 焼酎酵母 | 黒麹菌・白麹菌 |
| 醸造酢 | 乳酸菌・酢酸菌 | 醸造用酵母 | – |
| ぬか漬け | 乳酸菌・酪酸菌 | 産膜酵母 | – |
| かつお節 | – | – | カツオブシカビ |
| 納豆 | 納豆菌 | – | – |
| ビール | – | ビール酵母 | – |
| ワイン | （乳酸菌） | ワイン酵母 | – |
| パン | – | パン酵母 | – |
| ヨーグルト | 乳酸菌 | – | – |
| チーズ | 乳酸菌 | – | – |
| ブルーチーズ | 乳酸菌 | – | アオカビ |
| キムチ | 乳酸菌 | – | – |
ここからは主観です
例えば醤油を作る場合、乳酸菌、醤油酵母、醤油麹菌と様々な微生物（細菌、酵母菌、カビ）が使われています
昔は、空気中（蔵の中）に生息している菌によって発酵をおこなっていたが、現在は管理・培養された菌が添加されているようです
しかし、昔ながらのつくりを続けている蔵では、木桶や柱や天井に乳酸菌や酵母菌が住み着いて空気中にただよっており、それを利用して発酵させているようです
ちなみに、醤油のPhが低い理由は、乳酸発酵しているため
参考文献 発酵検定 キッコーマンホームぺージ