スイカは、もともと「水瓜」だったが、西洋から伝わったことから、他の瓜と区別するため、後から「西瓜」の字が当てられた。
一方、カボチャは、九州に漂着したポルトガル人が種を持ってきた。その船はカンボジアから来たので、カボチャとなった。
スイカに形が似ており、南蛮国（ポルトガル）からやってきたということで「南瓜」の字があてられた。
ここからは主観です。
西瓜は「スイカ」と発音するが、南瓜は「かぼちゃ」と「なんきん」どちらでもよいらしい。
調べてみると、関西では「なんきん」と発音する傾向があるとのこと。
ちなみに、私は大阪に住んでいるが、確かにスーパーで「なんきん」と書いてあることも多い。
参考文献 日本語おもしろ雑学