一般的に手作りのマヨネーズを保存する場合、冷蔵庫より室内の方が良いとされています。
この理由は、乳化と関係あります。
マヨネーズの乳化状態は10～30℃ぐらいの室温のときがいちばん安定しており、それ以上でもそれ以下でも、不安定で分離しやすくなります。
マヨネーズには卵が入っていますが、同時に酢も入っているため分離しないかぎり腐る心配はありません。
逆に分離すると、油、酢、卵は別々になって、酢の殺菌力は全体にゆきわたらなくなり、油も酸化され、いたみははやくなってしまいます。
ここからは主観です
ちなみにキユーピーのマヨネーズは【直射日光を避け、なるべく涼しい場所に保存】と書かれており、開栓後は（1～10℃）の冷蔵保存を推奨しているので注意が必要です
手作りマヨネーズは、市販品と違いかき混ぜる力が弱く、油の粒子が大きいので、分離しやすいのが原因である
参考文献 「こつ」の科学